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En 1668 confirmó y desarrolló el descubrimiento de la red de capilares del italiano Marcello Malpighi, demostrando como circulaban los glóbulos rojos por los capilares de la oreja de un conejo y la membrana interdigital de la pata de una rana. En 1674 realizó la primera descripción precisa de los glóbulos rojos. Más tarde observó en el agua de un estanque, el agua de lluvia y la saliva humana, lo que él llamaría animáculos, conocidos en la actualidad como protozooarios.6 Son también las primeras descripciones de bacterias (observó el sarro de sus propios dientes) y de espermatozoides humanos (1679).7

Leeuwenhoek se enfrentó a la teoría, por aquel entonces en vigor, de la generación espontánea8 demostrando que los gorgojos, las pulgas y los mejillones9 no surgían espontáneamente a partir de granos de trigo y arena, sino que se desarrollaban a partir de huevos diminutos. Describió el ciclo vital de las hormigas mostrando que las larvas y pupas proceden de huevos. También examinó plantas y tejidos musculares, y describió tres tipos de bacterias: bacilos, cocos y espirilos. Con todo, mantuvo en secreto el arte de construir sus lentes, por lo que no se realizaron nuevas observaciones de bacterias hasta que se desarrolló el microscopio compuesto en el siglo XIX.

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