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El efecto que buscas el el llamado "fade", y es el más complejo (pero no dificil) de los efectos que hacen esto (esta el fad, que es más sencillo, y este, que tiene más variables, pero es con el cual el efecto queda más controlable por el usuario.

El efecto ofrece varias variables:

fade(valor1,valor2,valor3,t1,t2,t3,t4)

t1 y t2 sera el tiempo a transcurrir del valor 1 al valor 2 y t3 y t4 sera el tiempo a transcurrir del valor 2 al valor 4. Los valores son las opacidades

Por ejemplo, este que hice para un proyecto que tengo:

{\fade(250,0,250,0,300,3250,3300)} Subtitulado por:Jsn2

Pegalo en aegisubs y analiza bien las variables, es realmente facil cuando lo entiendes bien.

espero haberte ayudado e intenta primero provando el efecto anteponiendo ala letra o subtitulo