Porque era claro que desde un principio Minato quería que Naruto se convirtiera en el nuevo jinchuriki del Kyubi, pero como Naruto era un recién nacido, y Minato disponía de muy poco chakra después de luchar contra Obito, utilizó quizá el único sello Uzumaki que podría dividir en dos el poder del zorro de forma eficiente, y rápida.

También tengamos en cuenta que por el simple hecho de tener poco chakra, no había una segunda oportunidad para detener a la bestia. Por eso tomó esa decisión tan radical.