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Hay unos que pasan por periférico en el tramo de Pedregal a Insurgentes del lado de Perisur y dicen Metro CU. En el metro puedes tomar un pumita (camión de CU) que te lleve al universum.

Espero que te ayude

ps si es desde xochimilco ni el metro y mucho menos el metrobus te dejan cerca =P

yo vivo en xochimilco y cuando he ido, me voy al estadio azteca y ahi en el paradero pasan unos microbuses que dicen: CU SAN FERNANDO IMAN y esos se van por san fernando hasta insurgentes sur y de ahi agarran iman, ese microbus te deja super cerca, te bajas donde esta la entrada a la zona cultural de CU (que es donde esta el museo) te cruzas la avenida caminas como 5 min y ya llegaste al museo.

O puedes irte al metro CU, entras a CU y de ahi salen camiones q no te cobran nada y te dejan enfrente del museo...no recuerdo q linea es y te regresas igual en esos mismos camiones