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El acuerdo con el Estado tardó prácticamente una década. No fue sino hasta el ascenso del general Porfirio Díaz que la Iglesia obtuvo las garantías necesarias para su desarrollo a través de la "política de conciliación". Durante sus sucesivos gobiernos, el general Díaz dejó sin vigencia efectiva las leyes de Reforma, mientras el clero abandonaba prudentemente toda participación política. Son hechos muy conocidos los vínculos del Presidente con algunos prelados, como Eulogio Gillow, Pelagio A. Labastida y Próspero María Alarcón; asimismo son conocidos los límites de la conciliación, con los casos de los gobernadores Próspero Cahuantzi, de Tlaxcala, e Ignacio Romero Vargas, de Puebla, amonestados por su acercamiento con los obispos respectivos.

La estrategia de conciliación con la iglesia se lleva a cabo gracias a que no le pide obediencia y colaboración activa para su política; del mismo modo tampoco apoyo material y moral. Solamente espera de ella que desaliente las resistencias en nombre de la religión, que no de garantía moral a eventuales acciones políticas de los católicos como tales y, por último, que no se realicen los nombramientos eclesiásticos estimados inoportunos por parte del poder.” Lo que Díaz ofrecía a cambio era la tolerancia a que la iglesia pudiera ejercer su papel espiritual en las trabas jurídicas impuestas contra ella por las leyes de reforma. Recibe a los obispos que visitan la ciudad de México, toma en cuenta sus recomendaciones, se informa a través de ellos del estado del país; los eclesiásticos desempeñaban el papel de una articulación informal entre un Estado y una sociedad heterogéneos. Nadie ponía trabas a su organización jerárquica.