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Las arqueobacterias son las más antiguas de todas las bacterias y hasta la actualidad no han evolucionado mucho. Solamente se las pueden encontrar en zonas inhóspitas como fuentes termales, depósitos de petróleo caliente o lagos salinos. Si bien tienen un aspecto similar al del resto de las bacterias, poseen características bioquímicas y genéticas que las diferencian del resto.

Las eubacterias en cambio, han evolucionados a lo largo del tiempo, son capaces de vivir tanto en ambientes aeróbicos como anaeróbicos. Pueden causar enfermedades en los organismos, pero, la mayoría son inofensivos e incluso beneficiosos

esto es todo lo que pude encontrar, porque el tema es muy reciente todavia, igual te dejo algunas paginas que te pueden servir...

wow