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Sin detener directamente la cadena respiratoria, existen 2 mecanismos por los cuales se evitaría la síntesis de ATP:

*Inhibiendo la Fosforilacion (ejemplo, Oligomicina)

Al detener el flujo de los protones libres que normalmente regresan al interior de la mitocondria, logrando inhibir la enzima ATP Sintasa, la cual genera nuevo ATP a partir de ADP.

*Inhibiendo los Transportadores (ejemplo, Atractilosido, Ácido Bongkrekico)

Interceptan a las moléculas que se encargan de exportar el ATP hacia el exterior de la mitocondria o a las que introducen moléculas a partir de las cuales se sintetiza ATP.

Cabe mencionar que detener la Cadena Respiratoria en cualquiera de sus puntos causa la inhibición de la Fosforilacion y viceversa, detener la Fosforilacion causa un estancamiento en las concentraciones de los intermediarios y efectivamente, detiene la cadena. Una cosa lleva a la otra.

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