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Con el término de ente económico se denomina a todos los agentes que participan en una economía, como sector público, empresas privadas, instituciones sin fines de lucro, familias, etcétera.

la empresa, es el ente económico que realiza actividades orientadas a satisfacer las necesidades de bienes y servicios de la sociedad, con el fin de obtener lucro. Puedes ser públicas o privadas, dependiendo del origen del capital y de si están sujetas o no al control del estado.

espero ser claro

"Ente económico" es muy ambiguo, podría ser casi cualquier cosa.

Empresa es claro: Organización privada con fines de lucro.

Ahora especula por aqui: La Aduana, una coperativa, el Banco Central podrían llamarse "entes ecónomicos" pero no son obviamente empresas.