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Aunque el metro Constituyentes es la estación màs cercana, para llegar a pie está un poco retirado y bastante enredado, concuerdo en que la mejor opción es tomar un taxi saliendo del metro, no puede cobrarte más de $20 pesos.

OJO:

Acá abajo te están diciendo que el museo está cerca de la Feria, pero creo que el amigo de abajo está confundiendo el MuTec con el de Historia Natural. Los museos que están junto a la Feria son el MuTec (Museo Tecnológico) y el Papalote (Museo del Niño). En cambio, el de Historia Natural (también conocido como "de las cúpulas", "de las bolas" o "del dinosaurio"), está más bien por el Panteón de Dolores, mucho ojo con esto.

Te dejo un link con información y fotos:

http://www.google.com.mx/imgres?imgurl=http://muse...

Está relativamente cerca, tomá el metro en la estación del auditorio la linea 7 (naranja) con dirección a Barrancas del muerto y en la primer estación te bajas que es Constituyentes, ahi puedes tomar un taxi que no te cobrará mucho porqué no está lejos de ahi, o sí gustas caminar pero de esa estación estás muy cerca.

vas a caminar bastante pero el mejor tip es que este museo se ubica casi frente a la "FERIA" por lo que deberas de caminar por la calle de chivatito hasta topar con periferico cruzar periferico ,llegaras a la feria y despues caminar hacia el poniente, casi frente a la puerta principal de la feria esta el museo.A 150 mts.)