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Conoces sobre bases de datos... bueno lo q yo haria es crear temporalmente una base de datos relacional (en MS-SQL, mysql...). Luego crear 2 tablas con columnas con los mismos nombres de las columnas del excel.

Luego importar cada archivo de excel en la tabla correspondiente. Ahi le creo la clave foranea entre las tablas (usando la llave o clave primaria q mencionas). Ahora si, hago una consulta sql uniendo la información de las dos tablas. Y esa consulta la exporto al excel...

En realidad todo esto es muy sencillo... pero serviría si en verdad tienes una perfecta integridad entre las dos bases de datos en excel...

suerte...

Mariano, si tienes dos base de datos correlacionadas con al menos un datos en ambas, y quieres unirlas entonces toma como base de datos fuente aquella que sea más grande ó completa y toma la siguiente como base de datos origen aquella que sea más pequeña me refiero de donde extraeras los datos. El procedimiento es muy sencillo solo tienes que utilizar la siguiente función en todas las filas de tu base de datos(BD)fuente =BUSCARV(dato llave en BD fuente, BD origen donde la primer columna es el dato llave, numero de columna del 2 en adelante dependiendo de que dato las columnas quieras colocar, FALSO para que busque el dato llav exacto), bueno es cuestion de pornerlo a prueba y practicarlo realmente es sencillo , Saludos.