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Con seguridad te puedo decir que Tienes dañado el termocople de tu boiler.

Es termocople si observas tu boiler aun lado del piloto esta una especie de barrita de cobre y sale un tubo muy delgado de cobre junto con el piloto esto funciona haci:

Al encender en piloto deves mantener en boton precionado esto para que permitas en paso de gas al piloto y deves esperar 30 seg y soltar el boton esto es con el fin de que calientes la barrita de cobre ( termocople) este tiene un gas que con la temperatura genera inducciona asia la valbula y mientras este caliente. Abrira en paso de gas al quemador por medio de la valvula si el piloto se apaga se cerrara la vavula principal y por ende se apagara esto es por seguridad para evitar que haya una exploxion de gas.

El termocople si vives en mexico sale entre 60 y 90 pesos no es caro y la mano de bras es barata ya que solo deve quitar la tuerca que va a de la valvula al piloto y la del termocople te lleva 10 minutos este trabajo.

Saludos!!!

Al termostato iusatrol de mi boiler se le rompió la perilla y la sustituí, en el centro tiene un perno con rosca y por desconocimiento lo giré, ahora no prende el quemador, como lo puedo sincronizar para que el quemador encienda?

Deberás cambiar la válvula de seguridad o termocupla y limpiar el inyector del piloto.