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No , no puedes , Tienes que atraparlo con una Masterball Pero después de debilitarlo no se puede conseguir . Pero si hay una manera de volverlo a encontrar pero es trampa . Son cheats , Asi yo hice para atrapar a Mewtwo , Jaja xd En realidad Queria ver si funcionaba el cheat y funciono :} Pero no tenia Masterball , Entonces hice cheat de Masterball y consegui 999 Masterball , Pero me di cuenta que hacia trampa y elimine el juego :{

Siempre que intentes capturar a un poke

Pokémon legendario asegúrate de tener una master ball o turno ball y guarda antes de atacarle. Si cometiste el error de no guardar o venir sin balls siempre puedes huir, el Pokémon desaparecerá pero volverá a aparecer en cuanto vuelvas a cargar el mapa (sal de la zona y vuelve a entrar). Eso me funcionaba por lo menos en las ediciones Rojo Fuego, Esmeralda y Diamante, no se si habrá cambiado.

Lo siento pero lo perdiste por siempre

No puedes xD. Solo te queda cargar la partida al último punto de guardado e intentarlo otra vez, espero que no se te haya ocurrido guardar la partida después de haberlo debilitado.